Come per ogni strumento musicale, anche l'origine dell'harmonium è incerta.
L'harmonium, come lo conosciamo oggi, è il risultato di molti esperimenti ed evoluzioni che hanno portato nel 1840 il francese Alexandre Debain a brevettarne il sistema di funzionamento che consisteva in uno strumento a tastiera dotato di ance metalliche funzionanti con aria in pressione.
Negli stessi anni, in America, si creano e sviluppano strumenti molto simili ma funzionanti con flussi d'aria aspirata (chiamati American Organ).
La diffusione prende piede sia nelle abitazioni sia negli edifici religiosi senza trascurare le sale da concerto, stimolando così la ricerca e la creazione di strumenti musicali di prestigio affiancati a veri capolavori nel mobile.
Si puo' quindi individuare fra 1850 circa e il 1930 il periodo di grande produzione di questi strumenti musicali.
La meta' degli anni ‘30 segna il declino dello strumento in tutta Europa.
In quegli anni comincia l'era degli strumenti elettrici ed elettronici, molto meno costosi come produzione e manutenzione e innovativi nel suono, tutto questo soffocherà l'utilizzo dell'harmonium e ne spegnerà in pochi anni ogni produzione "importante".

In Italia , la costruzione venne importata in epoca tardiva.
I migliori costruttori si sono conosciuti dopo i primi anni del '900.
Gli harmonium (armonium in italiano) erano soprattutto strumenti a pressione; la crisi economica relativa agli anni del primo conflitto mondiale, l'affievolirsi degli scambi commerciali (sia per i metalli che per i legni) e la successiva seconda guerra mondiale, portarono a frenare e poi a distruggere la cultura artigiana italiana dell'harmonium.
Gli strumenti italiani vennero spesso costruiti con materiali di seconda scelta e di questo ne risentiva soprattutto la qualità fonica (dovuta ai metalli) come quella artistica: i mobili divennero presto tavole di legno scadente (pioppo) ricoperte con lacca nera che nascondeva tutto, senza lavorazioni ne abbellimenti.