Come per ogni strumento musicale, anche l’origine dell’harmonium è incerta. L’harmonium, come lo conosciamo oggi, è il risultato di molti esperimenti ed evoluzioni che hanno portato nel 1840 il francese Alexandre Debain a brevettarne il sistema di funzionamento che consisteva in uno strumento a tastiera dotato di ance metalliche funzionanti con aria in pressione. Negli stessi anni, in America, si creano e sviluppano strumenti molto simili ma funzionanti con flussi d’aria aspirata (chiamati American Organ).